Omdat hij een grote jongen wil zijn en aan Meneer Krabs wil laten zien hoe dapper hij is, gaat SpongeBob achter De Vliegende Hollander aan, een mysterieuze spookpiraat. Het wordt een komisch zeevaardersavontuur dat hem naar de allerdiepste dieptes van de oceaan brengt, daar waar geen spons ooit is geweest.